JP-3859: Apply code style to clean_flicker_noise and nsclean (#9114)

Author: melanieclarke

.pre-commit-config.yaml

@@ -45,7 +45,6 @@ repos:
             jwst/badpix_selfcal/.* |
             jwst/barshadow/.* |
             jwst/charge_migration/.* |
-            jwst/clean_flicker_noise/.* |
             jwst/combine_1d/.* |
             jwst/coron/.* |
             jwst/cube_build/.* |
@@ -74,7 +73,6 @@ repos:
             jwst/model_blender/.* |
             jwst/mrs_imatch/.* |
             jwst/msaflagopen/.* |
-            jwst/nsclean/.* |
             jwst/outlier_detection/.* |
             jwst/pathloss/.* |
             jwst/persistence/.* |

.ruff.toml

@@ -30,7 +30,7 @@ exclude = [
     "jwst/badpix_selfcal/**.py",
     "jwst/barshadow/**.py",
     "jwst/charge_migration/**.py",
-    "jwst/clean_flicker_noise/**.py",
+    # "jwst/clean_flicker_noise/**.py",
     "jwst/combine_1d/**.py",
     "jwst/coron/**.py",
     "jwst/cube_build/**.py",
@@ -59,7 +59,7 @@ exclude = [
     "jwst/model_blender/**.py",
     "jwst/mrs_imatch/**.py",
     "jwst/msaflagopen/**.py",
-    "jwst/nsclean/**.py",
+    #"jwst/nsclean/**.py",
     "jwst/outlier_detection/**.py",
     "jwst/pathloss/**.py",
     "jwst/persistence/**.py",
@@ -123,6 +123,7 @@ ignore = [
     "UP008", # use super() instead of super(class, self). no harm being explicit
     "UP015", # unnecessary open(file, "r"). no harm being explicit
     "TRY003", # prevents custom exception messages not defined in exception itself.
+    "TRY400", # enforces log.exception instead of log.error in except clause.
     "ISC001", # single line implicit string concatenation. formatter recommends ignoring this.
 ]
 
@@ -157,7 +158,7 @@ ignore-fully-untyped = true  # Turn of annotation checking for fully untyped cod
 "jwst/badpix_selfcal/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
 "jwst/barshadow/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
 "jwst/charge_migration/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
-"jwst/clean_flicker_noise/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
+# "jwst/clean_flicker_noise/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
 "jwst/combine_1d/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
 "jwst/coron/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
 "jwst/cube_build/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
@@ -186,7 +187,7 @@ ignore-fully-untyped = true  # Turn of annotation checking for fully untyped cod
 "jwst/model_blender/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
 "jwst/mrs_imatch/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
 "jwst/msaflagopen/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
-"jwst/nsclean/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
+#"jwst/nsclean/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
 "jwst/outlier_detection/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
 "jwst/pathloss/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
 "jwst/persistence/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]

jwst/clean_flicker_noise/__init__.py

@@ -1,3 +1,5 @@
+"""Correct ramp or rate data for flicker noise."""
+
 from .clean_flicker_noise_step import CleanFlickerNoiseStep
 
-__all__ = ['CleanFlickerNoiseStep']
+__all__ = ["CleanFlickerNoiseStep"]